2. Teori Out of Taiwan
Dalam teori Out of Taiwan, dijelaskan asal-usul bangsa Indonesia berasal dari Taiwan, bukan Daratan China. Teori ini didukung oleh Harry Truman Simanjuntak berdasarkan pendekatan kebahasaan atau linguistik. Keseluruhan bahasa di Indonesia berasal dari Austronesia yang berkembang di Taiwan, oleh sebab itu kemungkinan besar nenek moyang bangsa Indonesia pun berasal dari asal-usul yang sama dengan bahasanya itu.
Kemudian bangsa Austronesia melakukan migrasi dari Taiwan, lalu menyebar ke Filipina, Indonesia, Madagaskar, hingga pulau-pulau kecil di wilayah Pasifik.

3. Teori Out of Africa
Teori out of Africa menyatakan bahwa manusia modern yang hidup sekarang berasal dari Afrika. Dasar teori asal usul nenek moyang bangsa Indonesia ini berdasarkan ilmu genetika melalui penelitian DNA mitokondria gen perempuan dan laki-laki.

4. Teori Nusantara
Menurut teori Nusantara yang didukung oleh beberapa tokoh diantaranya Muhammad Yamin, Gorys Keraf, dan J Crawford dijelaskan bahwa asal usul nenek moyang bangsa Indonesia berasal dari Indonesia sendiri.
Hal ini berdasarkan argumen salah satunya Bangsa Melayu yang menjadi bangsa berperadaban tinggi. Peradaban ini tidak mungkin bisa dicapai apabila tidak melalui proses perkembangan dari kebudayaan sebelumnya.