Teori tentang asal-usul nenek moyang bangsa Indonesia terdiri dari 4 teori yaitu Teori Yunnan dari China, Out of Taiwan, out of Africa dan terakhir teori Nusantara.
Simak penjelasan keempat teori di bawah ini selengkapnya.

1. Teori Yunnan dari China
Menurut Teori Yunnan yang didukung oleh Mohammad Ali, asal usul nenek moyang bangsa Indonesia berasal dari Yunnan, China yaitu Suku Mongol. Karena terdesak, mengakibatkan Suku Mongol melakukan perpindahan ke arah Selatan. Mereka yang melakukan perpindahan ini disebut sebagai bangsa Proto Melayu atau Melayu Tua.
Dua tokoh lain mendukung Teori Yunann yaitu R.H. Geldern dan J. H. C. karena adanya bukti kapak tua di wilayah bangsa Indonesia yang memiliki kemiripan dengan kapak tua yang ada di Asia Tengah. Dengan begitu, dapat disimpulkan bahwa penduduk Asia Tengah melakukan perpindahan ke kepulauan Nusantara. Tapi, teori Yunnan masih sangat lemah dan kurang akurat. Hal itu dikarenakan teori ini hanya berdasar pada bukti-bukti kesamaan secara fisik, temuan benda-benda bersejarah yang mirip, serta kebudayaan megalitikum saja.

2. Teori Out of Taiwan
Dalam teori Out of Taiwan, dijelaskan asal-usul bangsa Indonesia berasal dari Taiwan, bukan Daratan China. Teori ini didukung oleh Harry Truman Simanjuntak berdasarkan pendekatan kebahasaan atau linguistik. Keseluruhan bahasa di Indonesia berasal dari Austronesia yang berkembang di Taiwan, oleh sebab itu kemungkinan besar nenek moyang bangsa Indonesia pun berasal dari asal-usul yang sama dengan bahasanya itu.
Kemudian bangsa Austronesia melakukan migrasi dari Taiwan, lalu menyebar ke Filipina, Indonesia, Madagaskar, hingga pulau-pulau kecil di wilayah Pasifik.

3. Teori Out of Africa
Teori out of Africa menyatakan bahwa manusia modern yang hidup sekarang berasal dari Afrika. Dasar teori asal usul nenek moyang bangsa Indonesia ini berdasarkan ilmu genetika melalui penelitian DNA mitokondria gen perempuan dan laki-laki.

4. Teori Nusantara
Menurut teori Nusantara yang didukung oleh beberapa tokoh diantaranya Muhammad Yamin, Gorys Keraf, dan J Crawford dijelaskan bahwa asal usul nenek moyang bangsa Indonesia berasal dari Indonesia sendiri.
Hal ini berdasarkan argumen salah satunya Bangsa Melayu yang menjadi bangsa berperadaban tinggi. Peradaban ini tidak mungkin bisa dicapai apabila tidak melalui proses perkembangan dari kebudayaan sebelumnya.